Хаб модулів
Три інструменти, що працюють разом: 3D-аналіз структури білка, пошук мотивів через R, пошук мотивів через Java. Усі три модулі можуть передавати дані один одному.
🧬
Module · 3D Viewer
ProtReveal
3D-візуалізація PDB/AlphaFold структур, важкі метали, радіонукліди з NNDC-довідником, α-зони ураження, симулятор мутацій, ROS-вразливість.
three.js PDB α-zone metals
Відкрити структури
📊
Module · R / Bioconductor style
R-мотив
Пошук амінокислотного або нуклеотидного мотиву в послідовності через gregexpr(). Бекенд викликає Rscript з шаблоном-обгорткою.
Rscript gregexpr regex
Відкрити R-мотив
☕
Module · Java / JDK
Java-мотив
Той самий пошук мотивів, але через java.util.regex.Pattern. Бекенд компілює мінімальний Motif.java через javac і виконує у тимчасовому каталозі.
javac UTF-8 Pattern
Відкрити Java-мотив
⛓ Як модулі взаємодіють зі структурою
Workflow · інтеграція з 3D-в'юером
1
Завантажити структуру
У ProtReveal завантажуєте PDB (файл, RCSB ID, UniProt/AlphaFold). Парсер видає атоми, ланцюги, ліганди, метали, B-фактори.
2
Витягти послідовність
У боковій панелі в'юера є вкладка «Сіквенс» — копіюєте one-letter код потрібного ланцюга у R-мотив або Java-мотив.
3
Знайти мотив
R або Java повертає позиції збігів. Наприклад, шукаєте Zn-finger мотив C.{2,4}C.{12}H.{3,5}H — отримуєте список позицій.
4
Перевірити на структурі
Повертаєтесь у в'юер, у пошуку залишків вводите CYS 42, бачите на 3D, чи метал реально координує цей залишок.
ProtReveal (atoms+metals) → R/Java (motif positions) → ProtReveal (residue focus) → α-зона навколо метала (kнопка прямо в картці метала, патч NNDC+METAL)
Підказка про α-зону: у вкладці «Важкі метали» в'юера, для кожного знайденого металу є кнопка ☢ α-зона навколо. Вона малює сферу радіусом 20–40 Å (модель з ²¹⁰Po за замовчуванням; можна змінити у вкладці «Радіація»). Усі залишки, що потрапили в зону, підсвічуються — це швидкий спосіб побачити, які функціональні центри білка постраждають при α-розпаді координованого радіонукліда.