📖 Інструкція ProtReveal
Повний посібник з використання аналізатора білкових структур
Зміст
🚀 Початок роботи 📥 Джерела структур 🔬 3D Переглядач 📋 Вкладки аналізу ⌨️ Гарячі клавіші ☢️ Радіонукліди ⚗️ Важкі метали 🧬 Мутатор 🔤 Sequence Viewer 💡 Поради
🚀 Початок роботи

ProtReveal — це веб-застосунок для аналізу та 3D-візуалізації білкових структур. Він підтримує завантаження з міжнародних баз даних та локальних PDB-файлів.

Виберіть джерело структури
На головній сторінці оберіть вкладку: RCSB PDB, AlphaFold, UniProt або файл .pdb
Введіть ID або завантажте файл
Наприклад 1CRN для RCSB, P04637 для AlphaFold/UniProt, або перетягніть .pdb файл
Натисніть "Завантажити"
Система автоматично завантажить, розпарсить та відобразить структуру у 3D
Досліджуйте структуру
Використовуйте вкладки в лівій панелі для різних типів аналізу
📥 Джерела структур
🏛
RCSB PDB
Protein Data Bank — основна база кристалографічних структур. ID: 4 символи, напр. 1CRN, 4HHB
🤖
AlphaFold DB
Структури передбачені DeepMind AlphaFold. ID: UniProt accession, напр. P04637
🧬
UniProt
База амінокислотних послідовностей + метадані. Завантажує AlphaFold або PDB структуру автоматично
📁
Файл .pdb
Власний PDB-файл. Ліганди, іони та метали зберігаються. Перетягніть файл або натисніть для вибору
💡 Порада: Для уреази з нікелем використовуйте 2POX або 1FWJ в RCSB. Для гемоглобіну з іонами заліза — 4HHB.
🔬 3D Переглядач
Навігація мишею
🖱 ЛКМ + тягнути — Обертання
🖱 ПКМ + тягнути — Переміщення (Pan)
🖱 Колесо — Масштабування
🖱 Клік — Вибір атома
🖱 Shift+Клік — Мульти-вибір
Режими відображення
〰️
Ланцюг CA (backbone)
Плавна трубка через α-вуглеці. Кольори: червоний=спіраль, жовтий=листок, синій=петля
⚫
Атоми (сфери)
Всі атоми як сфери з радіусами Van der Waals. Кольорується за схемою CPK
|
Зв'язки
CA–CA backbone зв'язки як лінії. Швидкий режим для великих структур
🫧
Поверхня
Молекулярна поверхня як напівпрозора сфера VdW. Корисно для аналізу доступності
Колірні схеми
Елемент (CPK)
C=сірий, N=синій, O=червоний, S=жовтий, H=білий
Залишок
Кожна амінокислота має унікальний колір за схемою Rasmol
Вторинна структура
Червоний=α-спіраль, жовтий=β-листок, синій=петля/coil
Ланцюг
Кожен ланцюг (A, B, C...) відображається окремим кольором
B-фактор
Синій=жорсткий/низький B, червоний=гнучкий/високий B
Заряд
Синій=позитивні (Lys, Arg), рожевий=негативні (Asp, Glu)
⚠️ Примітка: Для зміни кольору потрібно натиснути кнопку схеми у вкладці «Вигляд». Схема «Заряд» вимагає попереднього завантаження електростатики (вкладка ⚡).
📋 Вкладки аналізу
ℹ️
Інфо
Загальна статистика: атоми, залишки, ланцюги, ліганди, B-фактор. Список знайдених лігандів та іонів з кліком для переходу
🎨
Вигляд
Режим відображення, колірна схема, розмір атомів, фільтр ланцюгів, показ лігандів/металів/води
⚛️
Атом
Деталі вибраного атому, мульти-вибір, лінійка/кути, пошук залишку, sequence viewer
🔗
Зв'язки
Водневі зв'язки (2.5-3.5 Å), дисульфідні містки (SG-SG), сольові містки, загальна кількість ковалентних/іонних зв'язків
⚡
Електростатика
Заряджені залишки, загальний заряд, ізоелектрична точка. Після розрахунку можна застосувати схему «Заряд»
☢️
Радіонукліди
15 нуклідів, ROS-аналіз вразливих залишків, симулятор розпаду з аналізом до/після
⚗️
Важкі метали
Пошук металів у структурі, координаційна сфера, токсикологія, антидоти. База даних 15 металів
✂️
Мутатор
Заміна амінокислот, список мутацій, порівняння оригінальної та мутованої послідовності, збереження PDB
📊
Біостатистика
Summary, B-фактор розподіл, геометрія CA-CA, склад амінокислот, пошук металів
⌨️ Гарячі клавіші
R — Скинути камеру
S — Авто-обертання
M — Режим лінійки
1 — Режим Backbone
2 — Режим Атоми
3 — Режим Зв'язки
4 — Поверхня
5 — Все разом
💡 Клавіші не працюють коли фокус у полі вводу тексту.
☢️ Модуль радіонуклідів

Модуль аналізує вразливість білка до радіаційного пошкодження та симулює ефект різних радіонуклідів.

Як користуватись
Відкрийте вкладку ☢️
Натисніть "Запустити аналіз". Алгоритм розраховує ROS-чутливість (Cys, Met, Trp, Tyr, His...)
Оцініть індекс стабільності
0-30: критичний ризик, 30-60: високий, 60-80: помірний, 80+: стабільний
Виберіть радіонуклід
15 нуклідів: Sr-90, Cs-137, Co-60, Pu-239, Ra-226, Am-241, Po-210 та ін. Кожен має детальну картку
Симулюйте розпад
Натисніть "Симулювати розпад" — отримайте аналіз до та після з прогнозом ризиків
ROS-підсвічування
Кнопка "☢️ ROS" на viewport або кнопка в HUD — підсвічує вразливі залишки на структурі градієнтом від зеленого до червоного
🔬 Вразливі залишки за рівнем ROS-чутливості
Cys (100%) › Met (85%) › Trp (80%) › Tyr (70%) › His (60%) › Phe (50%) › Leu (35%) › Ile (30%) › Val (20%)
⚗️ Модуль важких металів

Модуль знаходить іони та важкі метали у структурі білка (HETATM записи в PDB) та надає токсикологічну інформацію.

💡 Важливо: При завантаженні PDB-файлів ліганди та іони не видаляються. Для кращих результатів використовуйте структури з іонами з RCSB, наприклад: 2POX (уреаза + Ni²⁺), 4HHB (гемоглобін + Fe), 1ATP (кіназа + Mg²⁺ + АТФ)
Відкрийте вкладку ⚗️
Натисніть "Аналіз структури". Алгоритм сканує всі HETATM атоми і шукає відомі метали
Перегляньте знайдені метали
Кожен метал показує: координаційне число, донорні атоми з відстанями, токсичність, механізм дії, антидот
Клікніть на метал
Камера автоматично переходить до металевого центру у 3D структурі
База даних металів
У нижній секції — повна база 15 важких металів. Можна шукати за назвою або символом
🧬 Мутатор білка
Клікніть на атом у 3D
Залишок відображається в полі "Поточний" у вкладці 🧬
Виберіть новий залишок
З випадаючого списку оберіть одну з 20 стандартних амінокислот
Натисніть "+ Додати мутацію"
Мутація додається до списку. Можна додати кілька мутацій одночасно
Збережіть мутований PDB
Кнопка "💾 Зберегти PDB" — завантажується файл з заміненими залишками
💡 Внизу вкладки відображається Sequence Viewer де помаранчевим виділені змінені залишки.
🔤 Sequence Viewer

Інтерактивна панель послідовності амінокислот доступна у двох місцях:

📋 Бічна панель (вкладка Атом)
Компактний sequence viewer з можливістю вибору ланцюга. Кожна АК кольорується за типом. Клік = перехід камери до залишку в 3D.
📊 Нижня панель (seqbar)
Кнопка "Сіквенс ↕" або кнопка в нижньому лівому HUD — розкриває/ховає повний Sequence Viewer внизу 3D viewport. Показує однобуквений код + номер. Клік = фокус на залишку.
💡 Поради та FAQ
❓ Чому атом не підсвічується?
В режимі "Backbone" атоми не відображаються — переключіться в режим "Атоми" або "Все разом". Також перевірте чи не включений фільтр лігандів/металів.
❓ Чому не знайдено зв'язків?
Алгоритм шукає водневі зв'язки між backbone атомами N та O. Для маленьких пептидів (<10 залишків) або структур без вторинної структури результат може бути порожнім.
❓ AlphaFold не завантажує?
AlphaFold потребує UniProt ID (6-10 символів, наприклад P04637). PDB ID тут не підходить. Перевірте ID на uniprot.org.
❓ Метали не знаходяться?
Метали зберігаються тільки якщо вони є у вихідному PDB-файлі як HETATM записи. AlphaFold структури не містять лігандів — використовуйте RCSB PDB.
❓ Як зробити скріншот?
Кнопка "📸 Скрін" у вкладці Вигляд або натисніть і збережіть PNG файл з назвою структури.
💡 Для презентації
1. Завантажте білок з іонами (напр. 2POX — уреаза+Ni). 2. Переключіть режим "Backbone" → схема "Вторинна структура". 3. Запустіть аналіз важких металів. 4. Зробіть скріншот. 5. Запустіть ROS-аналіз для радіаційного стресу.